创建圣米迦勒神学院(1914-1920)
圣公会于1889年在江华岛首次进行传教活动。初期致力于医疗传教、文化传教、社会传教，并设立医院、学校和孤儿院等。圣公会以培养神职人员和灵修训练为目的，于1914年在京畿道江华创建圣米迦勒神学院。大韩圣公会第三代主教马克·特罗洛夫主教任命许世实神父为首任院长，实行严格的修道院式信仰训练，进行适应于韩国文化的本土化神学教育。圣米迦勒神学院在1915年培养出第一届毕业生后，于1916年因第一次世界大战而被迫停学。
民族受难辗转迁移(1921-1956)
1921年圣米迦勒神学院从江华迁往仁川，1925年迁至首尔贞洞。这时马克·特罗洛夫主教就任第二任院长。1940年日本警察强制关闭圣米迦勒神学院，此后8年间一直未能恢复。1948年圣米迦勒神学院在仁川重新开放校门，李道岩神父就任第4任院长。1950年韩国战争爆发后，院长李道岩神父和教授赵容镐神父被北韩绑架，学校不得不再次关闭。1952年神学院迁至清州。
航洞校区新篇章 神学教育新模式(1957-1981)
1957年，圣米迦勒神学院迁至现在的航洞校区，大天德神父就任院长，自此在神学教育上更加强调共同生活和心灵修炼。从1961年起开始了神学教育专业研究生院的教育课程，并录取普通大学出身的学士学位者进行3年的神学基础教育和牧会训练等课程。1966年新建圣米迦勒神学院本馆。1981年获得天神学院和天神神学校的学校法人设立许可。
学校法人的设立 "万人祈祷运动"(1982-1991)
1982年，在学校法人天神学院以4年制大学本科课程设立天神学校，并录取40名神学系新生。 1987年被教育部批准为四年制大学。1988年新设社会福利系，继承了以社会事业为基础的圣公会传教理念。1989年学校更名为"圣公会神学校"。1991年9月在大学发展募捐运动中发起"万人祈祷"运动。1991年11月从教育部获得"圣公会神学大学"改编预备批准，为新的飞跃提供了契机。
首尔最年轻的大学(1992-1997)
1992年圣米迦勒神学院从韩国教育部获得升级为"圣公会神学大学"的最终许可。1994年新设宗教社会学系和传教英语学系。1994年迎来建校80周年，将"圣公会神学大学"更名为"圣公会大学"，成为综合大学。1995年新设理工科计算机信息专业;1996年新设日语系、新闻广播系、电算信息系、信息通信系、神学研究生院;1997年新设流通信息系和公民社会福利研究生院社会福利系，由此正式步入综合大学的行列。
人权与和平的大学(1998-2004)
第一个长期发展计划(1998~2004)，将大学特色化为"人权与和平的大学"，以体现开放、分享、奉献的大学理念。在此基础上，培养集专业知识和极高素养于一身的具有批判意识的民主公民，致力于成为一所独具特色的非传统大学。
公民社会福利研究生院于1998年开设NGO系，于韩国国内首次在研究生院开设公民社会领导人培养教育课程。2000年4月，在韩国国内首次创建民主资料馆，2001年新设数字内容系，2003年新设文化研究生院。
亚洲和平共同体大学(2005-2014)
第一个长期发展计划实施后，成为"人权与和平的大学"，并在此基础上，制定了成长为亚洲"和平共同体中心"的第二个长期发展计划(2005~2014)。根据这样的蓝图和目标，为了加强亚洲公民社会和产学的联系，致力于扩充大学基础。在韩国国内首次为亚洲公民社会领导人开设了学位课程(MAINS)，并推进加强与亚洲公民社会联合的项目。通过这些，树立了"亚洲公民社会共同体大学"的新方向。
以人权与和平连接世界之大学(2015-present)
2014年迎来建校100周年，制定了发展为"以人权与和平连接世界之大学"的第三个长期发展计划(2015-2024)。根据第三个长期发展计划，从2018年新生开始，到第三学期可以自由选择两个专业，从第四学期开始学习专业课程。通过这些，以和平和尊重生命价值为基础，培养具备专业能力的复合型人才。
